GFJK råder over et kontrolkorps bestående af fiskeriobservatører, fiskeri- og jagtkontrollører, som til dagligt varetager kontrol af fiskeri, fangst og jagt i Grønland.
Kontrol af fiskeri, fangst og jagt kan opdeles i to segmenter:

1. Kystnær og landkontrol
2. Havgående kontrol

Kystnær og landkontrol
Kontrol af fiskeri i kystnære områder, og af fangst og jagt på land, udføres af GFJKs fiskeri- og jagtkontrollører, som er placeret i de større byer langs kysten.

Antallet af kontrollører afhænger af kontrollens omfang og den praktiske tilrettelæggelse af kontrolopgaver, og er af varierende karakter afhængig af årstiden. Dette skal stå i forhold til fiskeriets omfang, herunder kvoter, antal havne, distancer, fartøjstyper samt risikoen for ulovlige landinger eller ulovligt fiskeri.

I den kystnære kontrol udføres der kystnær kontrol til søs, samt landingskontrol af grønlandske og udenlandske trawlere. Landkontrollen omfatter eksempelvis opgaver som kontrol af moskusjagt og hvalfangster. Ydermere bistår fiskeri- og jagtkontrollører i oplysningskampagner om fiskeri og jagt, samt samarbejder med kommunernes erhvervskonsulenter. Kontrollørerne besidder således de nødvendige kompetencer, der kræves til at udføre en velkvalificeret kontrol på alle niveauer, samt indgå i international fiskeriinspektion. Kontrollørernes opgave er at sikre, at lovgivningen for fiskeri og jagt overholdes og håndhæves.

Til kontrolopgaverne råder korpset over fem mindre fartøjer samt ét stort. Der er tillige også rådighed over tre tjenestebiler, et antal snescootere ATV’ere og droner.
Korpset er i dag fordelt ud på følgende byer: Ilulissat, Sisimiut, Maniitsoq, Nuuk og Ittoqqortoormiit.

Havgående kontrol
Foruden fiskeri- og jagtkontrollørerne i den kystnære kontrol, består GFJKs kontrolkorps endvidere af 13 fiskeriobservatører. Fiskeriobservatørernes opgave er at føre tilsyn med fiskeriet på de havgående fartøjer, dvs. at følge og observere fiskeriet, herunder især sikre korrekt fangstregistrering, og at der ikke sker ulovligt udsmid. De kan også vejlede skipper under fisketuren, og de kan rapportere og anmelde overtrædelser, men har som observatører ikke hjemmel til at forfølge sagerne videre.

Samarbejde med Arktisk Kommando og Søfartsstyrelsen
GFJK har et tæt samarbejde med Arktisk Kommando (AKO). AKO udfører fiskeriinspektionen i den grønlandske eksklusive økonomiske zone (EEZ) og har den fornødne politimyndighed hertil. AKO råder over et antal inspektionsskibe. Da GFJK ikke råder over fartøjer til havgående kontrol, er samarbejdet med AKO derfor både værdifuldt og nyttigt som et led i en effektiv kontrol af det grønlandske fiskeri.

Foruden at samarbejde med AKO, har GFJK også tæt kontakt med Søfartsstyrelsens skibsregister. I forbindelse med uddannelse af fiskeri- og jagtkontrollører arbejder GFJK sammen med den danske fiskerikontrol.